Согласно отчёту ВСК, взрывы произошли за неделю до окончания оформления документов аудиторской службы Минобороны, которая установила, что на складах существует недостача военного имущества на сумму в 560 млн гривен.
Перед взрывом под предлогом учений со складов был выведен весь постоянный персонал стратегического боезапаса.
Для проведения исследования ВСК пришлось обращаться в Харьковский научно-исследовательский институт судебных экспертиз им. Бокариуса, так как в Офисе генерального прокурора расследование остановили.
После изучения последствий взрывов, Институтом было установлено, что «воронка в районе первых детонаций появилась в результате фугасного действия направленного взрыва, углубленного в землю заряда», а составляющие компоненты взрывного устройства содержали в себе вещества, которых нет в боеприпасах, хранящихся на складах.
Люди, отвечающие за систему безопасности на складах в Балаклее, после взрывов получили повышения! В то же время комиссией было установлено, что «Украэрорух» физически не мог определить наличие беспилотника в воздухе над складами, потому что он слишком маленький. Сенсоры «Украэроруха» рассчитаны на объекты с минимальным размером вертолета МИ-8.
Ранее следствием занималась Генпрокуратура и СБУ Харьковской области, но из-за отсутствия результатов ВР вынуждена была создать ВСК. Теперь, согласно закону, срок действия комиссии подходит к концу и участники будут обращаться к парламенту с просьбой продлить ее существование для продолжения расследования. В случае одобрения, члены комиссии будут просить перевести дело под юрисдикцию центра СБУ и совместно координировать расследование.