Отношения между Монголией и Японией могут быть датированы 1274 годом. Монгольская империя под властью Хубилай-хана стремилась к территориальному вторжению в Японию в 1274 и 1281 годах.
24 февраля 1972 года Монгольская Народная Республика и Япония установили дипломатические отношения. 1970-е годы были ключевым моментом во внешней политике Монголии по трем причинам.
Во-первых, у монгольского правительства под руководством Ю. Цэдэнбала были дальновидные внешнеполитические амбиции за пределами СССР, поэтому признание суверенитета Монголии было основополагающим.
Во-вторых, получив признание от других стран, можно было бы установить дипломатические отношения.
Наконец, установив дипломатические отношения, Монголия могла взаимодействовать с остальной частью мира в политическом, экономическом, дипломатическом и социальном плане.
К счастью, с огромным усилием Ю.Цэдэнбала многие дипломатические отношения были установлены через его правительство, включая Японию. В 1977 году, с ограниченным доступом, Япония инвестировала в технологию, производство и дистрибуцию фабрики "Gobi Cashmere", таким образом, начался монгольский рынок кашемира. Зарубежная помощь и проекты в области развития контролировались и ограничивались в социалистической Монголии до демократической революции 1990 года.
С 1991 года Япония финансировала горнодобывающие секторы Монголии, такие как Проект I и II по восстановлению железнодорожного транспорта, Реабилитационные проекты 4-й ТЭЦ в Улан-Баторе, Багануур и в проекте развития I и II угольной шахты Шивээ-Овоо. К 2005 году Япония вложила в развитие Монголии 391,07 млн. долл. США (помощь Японии Монголии). На протяжении 2000-х годов отношения двух стран укреплялись не только финансово, но и социально.
Ока Хироки, профессор азиатской истории, специализирующийся на истории монголов, заявил:
"Почему-то монголы всегда застают японцев врасплох. Монгольское нашествие 13-го века материализовалось из воздуха, как и недавнее "вторжение” талантливых борцов сумо из Монголии. В 2003 году монгольский борец Д. Дагвадорж стал 68-м Ёкодзуной, укрепив отношения двух стран в области культуры. Г-н Дагвадордж был первым монгольским борцом, ставшим ёкодзуной. За 45 лет дипломатических отношений Монголия и Япония многого достигли на всех уровнях.”
По данным Посольства Японии в Монголии, Японских добровольцев по сотрудничеству с зарубежными странами (JOCV), официальной помощи в целях развития (ODA), Монгольско-японского соглашения об экономическом партнерстве (EPA), и другие образовательные и культурные организации способствовали дружественным отношениям Монголии и Японии. В географическом плане Япония стала третьим соседом Монголии из-за торговли, экономических отношений и значимости обеих стран в сфере безопасности в Азиатско-Тихоокеанском регионе.
В Концепции внешней политики Монголии 2011 год особо подчеркивается политика "третьего соседа”, включая Японию, в политической, экономической и безопасности. В 2010 году Монголия и Япония договорились построить стратегическое партнерство в своих дипломатических целях. Стратегическое партнерство основано на глобальных и региональных проблемах политики и безопасности, таких как подъем Китая, ядерная угроза Северной Кореи и вопросы безопасности на море в Южно-Китайском море и Восточно-Китайском море, а также экономических амбиции.
Политическая позиция Монголии создает решающее присутствие между странами-соперниками, Китаем-Японией, Россией-Японией, Южной Кореей-Северной Кореей-Японией в Азиатско-Тихоокеанском регионе. Соперничество между Россией и Японией позволяет Монголии стать промежуточным звеном благодаря давним добрососедским отношениям с Россией на протяжении всей истории.
Когда дело доходит до экономического двустороннего сотрудничества, Китай и Япония конкурируют за Монголию как рынок для импорта, экспорта, инфраструктуры и проектов развития. С 2011 года Китай и Япония участвуют в разработке мега-проектов по добыче и инфраструктуре Монголии. В мае 2013 года корпорация "Мицубиси” и корпорация "Чийога” выиграли контракт на строительство второго международного аэропорта Монголии в Хөшигтиин-Хөндии, который требует инвестиций в размере 493 млн. долл. США.
22 октября 2015 года премьер-министр Ч.Сайханбилэг подписал монголо-японское АООС для разработки месторождений Таван-Толгой и железных дорог. Это соглашение стало большим ударом для китайского горнодобывающего гиганта, China Shenhua Energy Company, инвестиционное соглашение которого было отклонено парламентом Монголии и Советом национальной безопасности за нарушение ряда законов и правил.
Для Японии партнерство с крупнейшим месторождением полезных ископаемых в Монголии и мега-инфраструктурой было беспроигрышной ситуацией. В Азиатско-Тихоокеанском регионе позиция Монголии представляет собой позицию посредника или "Большую дипломатию маленькой страны” в отношении ядерного кризиса в Северной Корее.
Министр иностранных дел Фумио Кисида заявил: "Монголия является важным региональным партнером, который разделяет ценности принципов с Японией”.
По мере того, как отношения двух стран становятся ближе к политическим и экономическим амбициям, расширяются отношения между людьми.
В марте 2013 года визит премьер-министра Японии Синдзо Абэ в Монголию способствовал развитию дипломатических отношений на трех аренах:
Запуск трехстороннего подхода Монголия-Япония-США;
Внедрение Монголо-Японского экономического партнерства (EPA);
Обмен людьми для образовательных и культурных целей.
Хотя Япония была одной из стран-«финансистов» развития Монголии, Монголия также поддерживала Японию в трудных условиях. В 2012 году монгольское правительство пожертвовало миллион долларов и активно участвовало в ликвидации последствий цунами в префектурах Мияги и Ивате.
На 45-й год дипломатической годовщины как монгольское, так и японское правительство надеется добиться прогресса по ранее подписанным соглашениям и обязательствам. В предстоящие годы два правительства будут работать над планами действий на 2017-2021 годы по укреплению двусторонних связей в области экономики и безопасности.