Еще в начале войны начальник штаба израильской армии Ицхак Рабин заявил, что намерен защищать побережье своей страны любыми способами, включая атаки неопознанных судов. Он жестко порекомендовал американцам держать свои корабли подальше от побережья и как минимум информировать Израиль о положении военных судов ВМФ США.
8 июня 1967 года с раннего утра над «Либерти» начал кружить самолёт-разведчик ВВС Израиля. Матросы начали махать ему руками: американский флаг был хорошо различим, и ни у кого не оставалось сомнений, что союзники опознали друг друга. В это же самое время израильтяне на берегу получили сообщение о нахождении близ собственных вод египетского эсминца в этом районе.
Спустя некоторое время самолёт-разведчик удалился, после чего поднятые по тревоге в два истребителя «Мираж» ВВС Израиля под командой капитана Йоси Зака в 14:00 атаковали американский корабль прицельным огнём. После первого захода 8 военнослужащих США погибли, еще 75 – был ранены. Американский флаг и торчащие антенны были сбиты очередями из автоматических пулемётов. Капитан корабля «Либерти» Макгонагл, получив ранение, попытался отправить просьбу о помощи, однако радиоаппаратура была сильно повреждена огнём и перестала функционировать.
Израильские истребители ушли, израсходовав свой боезапас. На борту «Либерти» резонно предположили, что произошла грубая ошибка опознания. Тем не менее, спустя мгновение на американское судно совершили атаку пара бомбардировщиков с напалмовыми бомбами.
Попытки отстреливаться не принесли никакого результата. В 14:35 в «завершении мучений» корабль США был атакован торпедными катерами. Моряки, пытавшиеся выйти на палубу, загнали в трюм пулеметными очередями. В это время радистам «Либерти» удалось послать сигнал о помощи: на место действия вылетели боевые самолёты США, после чего израильтяне прекратили атаковать судно. На американском корабле погибло 34 человека, еще 171 были ранены.
После начала «разбора полётов» Израиль тут же объявил, что «Либерти» приняли за египетский корабль. На просьбу Госдепартамента США расследовать инцидент реакция также осталась прохладной: никто не был наказан.
Исследователи считают, что на «Либерти» американцы перехватили данные о скором начале операции на Голанских высотах. Так как советская разведка могла получить секретные данные от своих источников в США и передать их арабам, Израиль не стал рисковать и уничтожил судно, выведя его из строя. Мотив весьма веский: от внезапности наступления на Голанских высотах для Израиля мог зависеть успех всей войны.
В любом случае, тайна вокруг атаки на американское судно «Либерти» до сих пор не разгадана, а сама атака израильтян вошла в историю как пример труднообъяснимого и нелогичного поведения союзников, приведшего к кровавым последствиям. К сожалению, подобные случаи сопровождают международную политику по сей день.