Супруги совместно прожили недолго, болезный государь скончался через два с небольшим месяца после свадьбы. В это время царица успела определить своего младшего брата Федора в стольники к царю. Юный Петр, взойдя на престол, унаследовал от старшего брата вместе со всем другим и юного стольника, Федор остался при дворе и вскоре стал постоянным участником потешных сражений.
В первые годы правления юный государь с товарищами были увлечены военными играми и маневрами, но именно в это время формировалось то самое «гнездо Петрово», из которого впоследствии выпорхнут дипломаты и военачальники, управленцы и администраторы.
В 1693 году Петр поручил заботам Апраксина Архангельск, единственный на тот момент русский порт. В связи с этим он получил от государя и дружеское прозвище, закрепившееся на всю жизнь: «Мейн герр губернатор Архангел». Этот город имел стратегическое значение, сюда стекались торговые суда, здесь велась оживленная торговля. Русского торгового флота тогда еще не существовало. Апраксин начал с возведения верфи на Соломбальском острове и потом приступил к строительству первого казенного торгового корабля «Святой апостол Павел».
Спуск на воду 26-ти пушечного корабля стал настоящим праздником в Архангельске. Примеру губернатора последовали многие купцы, стали открываться частные верфи, строиться корабли, укрепляться торговые связи. Когда Петр отправился в составе Великого Посольства в Европу, он поставил перед Апраксиным новую задачу — создать Азовский флот.
В Воронеже закипела работа, сюда с отдаленных верфей привозили «секции» для будущих кораблей, собирали их и отправляли в устье Дона. Только при активном участии новой флотилии второй Азовский поход завершился победой, и турецкая крепость, наконец, была взята. В должности азовского губернатора Апраксин перестроил Азов, построил Таганрог с портом, укрепив город Троицкой и Павловской крепостями, учредил новые верфи в городах Новопавловске (Борисоглебске) и Таврове.
Неудачный Прутский поход Петра и условия договора, которые должна была выполнить Россия, свели на нет всё сделанное, Апраксину пришлось уничтожить южный флот (часть судов удалось продать), а Таганрог и береговые укрепления отдать туркам.
Апраксин был правой рукой Петра и разделял все труды царя по превращению России в морскую державу. Он стоял во главе Адмиралтейства с момента его основания и стал первым генерал-адмиралом в истории России. По собственному выражению Апраксина, он нес свою службу «по силе ума своего с радостным сердцем и чистой совестью». Федор Матвеевич пользовался большим уважением не только государя, но и всех окружающих людей.
После азовского губернаторства Апраксин был назначен начальником завоеванных у шведов Эстляндии, Ингерманландии и Корелии.
Во время Северной войны проявился и полководческий талант Федора Матвеевича: блестящая операция по защите основанного Петербурга, взятие Выборга и, конечно, знаменитое сражение у мыса Гангут сделали Апраксина героем русского флота. В 1722 году он принимал как начальствующий морскими силами на Каспийском море участие в Персидском походе русской армии и флота.
Государя-императора и своего друга Петра Великого Апраксин пережил всего на два с лишним года, он скончался в ноябре 1728 года и был погребен в Златоустовском монастыре в Москве.
Вся жизнь Апраксина была бескорыстным служением России, лучше всего ее характеризуют слова, выбитые по указу Петра на медали с изображением портрета генерал-адмирала и русского флота: «Храня сие не спит; лучше смерть, а не неверность».