Существовал второй вариант компоновки – создание двухэтажного фюзеляжа, где на верхнем этаже располагаются топливные баки с жидким водородом, а на нижнем (основном) – традиционный салон с пассажирскими креслами. Так выглядел эскиз самолета Ту-206, в котором вместо криогенного топлива в верхней части корпуса находились баки с сжиженным природным газом. Но эта машина на базе Ту-204 осталась только в проекте.
В 2016 году Центральный аэрогидродинамический институт имени Жуковского предлагает кроме баков с жидким водородом в верхней части фюзеляжа перспективного лайнера оснастить Т-образным хвостовым оперением. Для снижения негативного влияния увеличенного лобового сопротивления, проектировщики предложили установить в хвостовой части турбовентиляторные двигатели с ультравысокой степенью двухконтурности, вентиляторы которых вращаются в противоположные стороны.
Эти хвостовые двигатели будут захватывать медленный пограничный слой, текущий по поверхности фюзеляжа. Предполагается, что это будет приводить к образованию зон турбулентности и ускорению течения пограничного слоя в передней части фюзеляжа, а значит снижать лобовое сопротивление. Также сообщается, что согласно данной концепции, на российский водородный самолет 21 века планируется установить электрические турбовентиляторные двигатели, за питание которых будет отвечать водородная топливная ячейка в хвостовой части.
На схеме вверху: предлагаемая компоновка российского перспективного пассажирского самолета, 2016 год