По планам Центра управления полетом, корабль отправился к МКС по шестичасовой схеме, то есть сделает четыре витка вокруг Земли. Стыковка корабля с МКС намечена на 9 апреля в 17:15 мск. Она будет проводиться в автоматическом режиме под контролем специалистов ЦУП и российских членов экипажей корабля и станции.
Командиром новой экспедиции на МКС станет Крис Кэссиди, совершающий уже третий полет на орбиту. Анатолий Иванишин также отправился на орбиту в третий раз, Иван Вагнер пока не имеет опыта космических полетов.
Как отметили в Роскосмосе, пилотируемый корабль "Союз МС-16" стал первым кораблем с экипажем, выведенным на орбиту ракетой-носителем "Союз-2.1а". До этого все пилотируемые полеты проводились на ракете-носителе "Союз-ФГ" с украинской системой управления. На "Союз-2.1а" установлена новая, полностью российская система управления.